Под действием молочной кислоты нарушается структура казеинаткальцийфосфатного комплекса: от него отщепляются фосфат и органический кальций в виде лактата кальция и переходит в плазму.

СаНРО₄ + 2С₃Н₆О₃ → (С₃Н₅О₃)₂Са + Н₃РО₄

Цитрат кальция тоже переходит в более растворимый лактат кальция

Са₃(С₆Н₅О₇)₂ + 6С₃Н₆О₃ → 3(С₃Н₅О₃)₂Са + 2С₆Н₈О₇

Структурно-механические свойства кислотного сгустка и процесс синерезиса зависят от режимов предварительной тепловой обработки молока и механической (гомогенизации). С повышением температуры пастеризации увеличивается прочность сгустка и снижается интенсивность отделения сыворотки (степень синерезиса). Это объясняется увеличением содержания в сгустках денатурированных сывороточных белков, которые, взаимодействуя с κ-казеином,  увеличивают заряд мицелл казеина, а следовательно его гидрофильные свойства.

Гомогенизация сырья способствует повышению вязкости сгустков и снижению степени и скорости отделения ими сыворотки за счет увеличения  дисперсности жира с одновременной адсорбцией на поверхности шариков плазменных белков, удерживающих сыворотку (гидрофильность) и затрудняющих синерезис сгустка, а также за счет повышения степени дисперсности частиц белковой фазы и, как следствие, увеличения их общей поверхности и усиления гидратации.

Механизм сычужной коагуляции казеина. Процесс коагуляции казеина под действием сычужного фермента (или его заменителя) носит необратимый характер и объясняется с позиции гидролитической теории. Механизм его заключается в следующем. Под действием внесенного сычужного фермента происходит гидролиз полипептидных цепей κ-казеина ККФК (разрыв пептидных связей). Гидролиз цепей  κ-казеина происходит по чувствительной к сычужному ферменту пептидной связи между фенилаланином (остаток 105) и метионином (остаток 106). Схематично процесс представлен на рисунке 10.2.

Сычужный фермент