Согласно последней классификации казеины делятся на α_s1, α_s2, и β и κ-казеины, содержание которых соответственно составляет 38, 10, 39 и 13% от всего казеина. Фракции казеина имеют генетические варианты. Первые три фракции  являются фосфопротеидами. κ-Казеин принадлежит к фосфогликопротедам. α_s1, α_s2, и β-Казеины чувствительны к ионам кальция, κ-казеин – не чувствителен. Он осаждается сычужным ферментом.

Все фракции характеризуются значительной термоустойчивостью (казеин рассматривается как белок, денатурированный в нативном состоянии), распределением вдоль полипептидной цепи полярных и неполярных аминокислот и др.

α_s1-Казеин является основной фракцией казеина и представляет собой смесь двух белков – главного и минорного компонентов, имеющих одинаковую первичную структуру, но отличающихся степенью фосфорелирования. Главный компонент содержит 8 фосфосериновых остатков, а минорный компонент – 9 остатков. По современной классификации главный и минорный компоненты следует называть α_s1-Кн В-8Р и α_s1-Кн В-9Р.

α_s1-Казеин имеет пять генетических вариантов (А, В, С, D, и Е), отличающихся друг от друга как содержанием отдельных аминокислот, так и их расположением в полипептидной цепи. Фракция содержит лизин, тирозин, повышенное количество аспарагиновой кислоты, но в ней отсутствует цистеин. После секреции α_s1-казеин может расщепляться под действием протеазы молока (плазмина). Один продукт протеолиза идентифицирован как λ-казеин.

К α_s2-казеину относятся 4 компонента, которые отличаются друг от друга лишь степенью фосфорелирования (содержат от 10 до 13 фосфосериновых остатков).Фракция имеет низкую гидрофобность, очень чувствительна к ионам кальция, но не чувствительна к действию сычужного фермента.

β-Казеин характеризуется повышенным содержанием валина, лейцина, пролина, и пониженным содержанием аланина, аспарагиновой кислоты и отсутствием цистеина. Он не чувствителен к ионам кальция при 4ºС, но осаждается ими при 35ºС. Выяснено, что β-казеины после секреции могут гидролизоваться под действием плазмина молока, в результате образуются фрагменты, ранее называемые γ-казеины (молекулярной массой от 12000 до 20000 Да) и компоненты протеозопептонов (молекулярной массой от 4000 до 14000 Да).