(Кофермент-А или КоА – выполняет функцию переносчика ацетильных групп, как АТФ является источником и переносчиком фосфатных групп. Активным началом сложной по своей структуре молекулы кофермента  ацилирования служит группа – SH, поэтому его обычно обозначают (КоASH). Итак, на первом этапе происходит карбоксилирование ацетила-КоА в присутствии СО₂ и образование малонила-КоА.

      CH₃ – С ~ SkoA + CO₂ + АТФ + H₂O ацетил-КоА-

                                                                                карбоксилаза

                    О

→НООС – СН₂ – С ~ SkoA + АДФ + Н₃РО₄

                              О

            Малонил-SkoA

      Далее синтез идет следующим образом: ацетильная и малонильная группы переносятся на ацилпереносящий белок (АПБ), находящийся в центре ферментного комплекса. АПБ служит своего рода якорем, к которому в ходе реакций присоединяются ацильные группы ацетил-КоА и малонил-КоА при участии соответствующих ферментов, имеющих SН-группы.

Ацетил ~ SКoA + АПБ – SH ↔ Ацетил ~ SАПБ + КоASH

Малонил ~ SКoA + АПБ – SH ↔ Малонил ~ SАПБ + КоASH

      В дальнейших реакциях синтеза жирных кислот участвуют ацетил ~ SАПБ и малонил ~ SАПБ.

CH₂ – C ~ SАПБ + HOOC – CH₂ – C ~ SАПБ →

           O                                             O

→CH₃ – C – CH₂ – C ~ SАПБ + АПБ – SH + CO₂

               O               O

               ацетоацетил ~ SАПБ

      Реакция идет с выделением большого количества энергии и сдвинута сильно в направлении синтеза, то есть декарбоксилирование малонильного остатка обеспечивает сильный термодинамический толчок в нпаравлении синтеза жирных кислот. Ацетоацетил-АПБ восстанавливается затем НАДФ^.Н₂ с образованием β-оксибутирила ~SАПБ.

      Под действием дегидратазы от β-оксибутирила ~SАПБ отщепляется молекула воды и образуется кротонил ~SАПБ, который восстанавливается при участии НАДФ^.Н₂ с образованием бутирила ~SАПБ.