Качество закваски, используемой при производстве кисломолочных продуктов, в значительной степени определяет и качество полученного продукта. В связи с этим подбору штаммов для заквасок, изучению их свойств и процессу приготовления заквасок уделяется большое внимание. При производстве детских молочных продуктов используют, как правило, многоштаммовые (два и более штаммов) закваски, позволяющие целенаправленно вести процесс молочнокислого брожения (увеличить активность кислотообразования, улучшить вкус, аромат или консистенцию за счет введения в состав закваски штамма, обладающего тем или иным свойством). Кроме того, многоштаммовые закваски более устойчивы в неблагоприятных условиях.

Выделением чистых культур молочнокислых бактерий для заквасок занимаются в специальных лабораториях. При этом используются нативные штаммы молочнокислых бактерий, выделенные из сырого молока, сыра, растений, цветов, овощей, фруктов и других природных источников, а также их мутанты. Бифидобактерии (род Bifidobacterium), а в последнее время и молочнокислые палочки (род Lactobacillus) выделяют из кишечника здоровых взрослых людей, а также младенцев, находящихся на грудном вскармливании.

В нашей стране в качестве производственных штаммов при выработке лечебно-диетических продуктов для детей раннего возраста используют виды B. bifidum и B. longum, физиологичные для организма грудного ребенка. Из молочнокислых бактерий наиболее широко используют ацидофильную палочку (L. acidophilus).

При отборе штаммов молочнокислых бактерий и бифидобактерий в состав заквасок детских молочных продуктов необходимо учитывать их технологические свойства: активность (скорость свертывания молока и динамику кислотообразования), стабильность свойств на протяжении длительного времени использования закваски, устойчивость к сезонным изменениям молока, бактериофагам и ингибиторам роста, способность к образованию сгустка определенного вкуса и консистенции. Важны также специфические свойства: физиологичность вида, особенности метаболизма (способность продуцировать молочную кислоту L(+)- или D(-)-формы, антагонистическая активность по отношению к условно-патогенным и патогенным микроорганизмам, антибиотическая активность и др.). Кроме того, необходимо учитывать такие свойства, как способность синтезировать витамины, незаменимые аминокислоты, лизоцим. При производстве сухих кисломолочных продуктов детского и диетического питания отбирают термоустойчивые штаммы. Для этого их многократно высушивают на распылительных сушильных установках при температуре воздуха на входе 165-175⁰С и на выходе 65-75⁰С. Хранят сухие культуры в течение 6-10 мес при 4-6⁰С и комнатной температуре. Количество жизнеспособных клеток в 1 г сухого порошка должно быть не менее 10⁷.