Во всех видах  мороженого важной составной частью является сахароза (10-15%). В качестве добавок вносят свежий белок; питьевую воду; масло, молочный белок; кофе; какао; шоколад; орехи; ванилин; природные эссенции; связывающие вещества и др. Большое разнообразие сырья и добавок обусловливают различный состав микрофлоры разных видов мороженого.

Основными источниками микрофлоры мороженого являются сырье и добавки, оборудование, вода, воздух, обслуживающий персонал, упаковочные материалы и др. Поэтому длительное таяние мороженого перед употреблением может привести к интенсивному размножению микроорганизмов, имеющихся в перерабатываемой массе.

Пригодность компонентов для производства мороженого определяется количеством в них микроорганизмов и качественным составом микрофлоры. Содержание микроорганизмов в этих объектах строго нормируется.

Микробиологический контроль производства мороженого включает контроль санитарно-гигиенических условий производства, технологического процесса и готовой продукции.

Санитарно-гигиенические условия производства мороженого контролируют по общей схеме с учетом специфики производства, оборудования, инвентаря и материалов.

Контроль технологического процесса производства мороженого предусматривает контроль сырья, смеси для мороженого – до и после пастеризации, различных наполнителей. В пробах из всех названных объектов определяют общее количество бактерий и содержание БГКП. Так, из связующих веществ наибольшее количество микроорганизмов может содержаться в желатине. Поэтому в каждой партии желатина, используемого для производства, помимо указанных микробиологических показателей ведут определение спор бактерий.

В смеси для мороженого после пастеризации общее количество бактерий не должно превышать 1х10³ КОЕ/см³, а БГКП не допускаются в 0,01 см³.

В готовом продукте определяют КМАФА_нМ, наличие БГКП, золотистого стафилококка, а при необходимости – наличие патогенных микроорганизмов. Количество мезофильных аэробных и факультативно анаэробных микроорганизмов не должно превышать 1х10⁵ КОЕ/г, присутствие БГКП не допускается в 0,1 г, золотистого стафилококка – в 1 г, а патогенных микроорганизмов, в том числе сальмонелл – в 25 г.