Высокая бактериальная обсемененность исходного молока способствует развитию протеолитической активности находящихся в молоке ферментов, что придает сухому казеину различные оттенки серого цвета, ухудшает его консистенцию. Повышение оптимальной температуры пастеризации перед получением сгустка казеина приводит к химическим реакциям между белком и лактозой, что придаёт казеину желтый, а иногда и коричневый цвет. Кроме того, повышенная температура пастеризации приводит к частичному осаждению сывороточных белков на мицеллы казеина, что в данном процессе недопустимо. Для получения казеина высокой бактериологической чистоты, пригодного для использования на пищевые цели, кроме пастеризации, молоко желательно подвергать бактофугированию (рис. 2).

Рис 2. Схема бактериальной очистки обезжиренного молока

1 - ёмкость для хранения и резервирования; 2, 6, 8 – насосы;
3 - пластинчатый теплообменник; 4 – бактофуга;
5 - ёмкость для приёма бактериального концентрата;
7 - приёмочная ёмкость для очищенного обезжиренного молока

Обезжиренное молоко в пластинчатом теплообменнике нагревают до 55…60ºС. В бактофугах его сепарируют с целью отделения бактерий. Полученный бактериальный концентрат – фугат, в количестве 2…3 % от исходного сырья, подается на специальную переработку. Очищенное от бактерий молоко охлаждается до необходимой температуры и направляется в резервуар, из которого передается на линию производства казеина.

Более современным и более качественным процессом является микрофильтрация. Суть этого процесса заключается в том, что микроорганизмы, имея размеры большие, чем поры мембраны, задерживаются ею и остаются в ретентате. Кроме удаления клеток и спор при микрофильтрации происходит дополнительное удаление жира, что особенно важно для казеина, направляемого на производство бумаги. Бактофугирование и микрофильтрация особенно эффективны для удаления споровых микроорганизмов, которые не инактивируются при низкотемпературной пастеризации.