В подготовленное таким образом сырье добавляют сычужный фермент и хлористый кальций, после чего оставляют на 5-15 мин для формирования сгустка. Далее начинают медленное перемешивание образовавшегося сгустка. Постепенно, для активизации процесса синерезиса, перемешивание ускоряют.  При этом производится кратковременный нагрев сгустка до температуры 46…48 ºС. Для предотвращения образования поверхностного слоя на частицах казеина, перед декантированием его охлаждают до 38…40 ºС. Иногда проводят инактивацию фермента – при постоянном перемешивании сгусток нагревают до 60ºС и выдерживают в сырной ванне в течение 30 минут. После отделения сыворотки для удаления остатков сывороточных белков, лактозы и солей сгусток дважды или трижды промывают водой. После отделения воды казеин дополнительно обезвоживают на ситах, прессах или центрифугах. Сушат казеин горячим воздухом до содержания влаги не более 12%. Получаемый казеин должен иметь белый или светло-желтый цвет. Усиление цвета указывает на погрешности в технологии и может быть вызвано повышенным содержанием лактозы в сгустке.

Первоначально технология производства сычужного казеина была реализована в ваннах на базе периодического процесса (рис. 8), но к настоящему времени разработана технология непрерывного производства. Такие линии схожи с линями по производству кислотного казеина и включают две промывные ёмкости, две центрифуги (декантера), на которых сгусток эффективно обезвоживается, сепараторы-очистители. Последняя центрифуга обеспечивает жесткий режим обезвоживания до 43…45% влаги в сгустке. Обезвоженный сгусток попадает в сушилку кипящего слоя, после которой направляется в бункер для равномерного распределения остаточной влаги. Для обеспечения непрерывного режима работы линии на предприятиях устанавливают несколько ванн для получения исходного сгустка.

Количество стадий промывки зависит от требований покупателя готового продукта, но две стадии являются минимумом. Свежая вода подается только на последнюю промывку, на промежуточных промывках используются промывные воды предыдущей стадии. После сушки казеин измельчают до требуемого размера частиц.