Нерегулируемый протеолиз под действием протеаз посторонних микроорганизмов, в том числе и гнилостных в сыром молоке или термоустойчивых нативных и бактериальных протеаз остаточной микрофлоры, может явиться причиной образования различных соединений с неприятным запахом и вкусом, которые обусловливают порчу продукта.

В производстве сыров и творога гидролиз белков обусловлен также действием внесенных ферментных препаратов – химозина (сычужного фермента) и пепсина, которые обладают свертывающей активностью. Под действием внесенного в молоко сычужного фермента происходит ферментативный гидролиз полипептидных цепей κ-казеина ККФК. Механизм гидролитического действия сычужного фермента заключается в расщеплении пептидной связи, образованной фенилаланином (остаток 105) и метионином (остаток 106) в цепи κ-казеина (см.тему 10, п.10.2.2). В результате отщепления гликомакропептида под действием сычужного фермента казеиновые частицы теряют заряд, а следовательно и устойчивость и переходят в параказеиновые, которые за счет сил молекулярного притяжения и при участии ионов кальция образуют агрегаты и затем пространственную сетку сгустка.

Таким образом, при сычужном свертывании происходят биохимические изменения казеина и затем физико-химические процессы коагуляции и структурообразования.

После свертывания молока в производстве сычужных сыров молокосвертывающие ферменты наряду с бактериальными и нативными протеазами участвуют в процессах распада белков сырной массы при созревании с образованием многочисленных азотистых соединений. Степень участия молокосвертывающих ферментов в созревании сыров зависит от их свойств и количества в сырной массе.

При созревании сыра сычужный фермент в большей степени атакует α_S-казеин и медленно или почти не атакует β-казеин, так как α_S-казеин содержит большое количество чувствительных к химозину  пептидных связей. В резульатте действия сычужного фермента происходит неглубокий распад казеина с образованием высокомолекулярных полипептидов и пептидов, которые затем гидролизуются под действием как внеклеточных (экзоферментов), так и внутриклеточных (эндоферментов) протеаз бактерий. Бактериальные ферменты кроме этого могут гидролизовать и сами фракции казеина, поэтому им отводится ведущая роль в ферментативном гидролизе белков сырной массы.