Ферментативному гидролизу  подвержены и другие липидные компоненты – фосфолипиды. Гидролиз фосфолипидов имеет место при выработке и хранении масла, сыров и кисломолочных продуктов. Процесс проходит под действием фосфолипаз молочнокислых и пропионовокислых бактерий с образованием высокомолекулярных насыщенных и ненасыщенных жирных кислот, фосфатидных кислот, азотистых и других соединений.

Образовавшиеся продукты гидролиза, например насыщенные жирные кислоты подвергаются ферментативному окислению, которое протекает по типу β-окисления (см.тему 6, раздел 6.5). Ферментативное окисление кислот по типу β-окисления происходит в мягких сырах и сливочном масле. Образующиеся при этом различные метилкетоны придают сырам определенные вкусовые качества, а в масле являются причиной появления прогорклого и окисленного вкуса.

По этой причине для большинства молочных продуктов (масло, кисломолочные продукты, некоторые сыры) гидролиз фосфолипидов нежелателен. Однако, в производстве отдельных сыров, например с высокой температурой второго нагревания используют закваски молочнокислых и пропионовокислых бактерий с высокой фосфолипазной активностью.

Наряду с гидролитическим расщеплением липидных компонентов они подвержены и окислительным воздействиям: ферментативному окислению при участии окислительно-восстановительных ферментов и окислению под действием кислорода воздуха и света – перекисному окислению (см.тема 6, раздел 6.5).

Продукты окисления – альдегиды, кетоны, кетокислоты, гидроперекиси, оксикислоты обусловливают появление в продуктах нежелательных окисленных привкусов и запахов, которые в зависимости от интенсивности окислительных процессов могут сопровождаться выраженными металлическим, рыбным и салистым привкусом.

Относительно легко окисляются кислородом воздуха фосфолипиды, особенно в присутствии в молоке или продуктах солей тяжелых металлов. Активное окисление фосфолипидов обусловлено высоким содержанием в их молекулах полиненасыщенных жирных кислот, которые легко окисляются с образованием перекисей и карбонильных соединений, ухудшающих вкус и запах молочных продуктов.