Казеин, как амфотерный электролит, в результате диссоциации амино- и карбоксильных групп, получает заряд, знак которого зависит от рН, температуры, ионной силы, состава растворителей. Так, при рН выше изоэлектрической точки (что характерно для свежего молока), казеин имеет отрицательный заряд -NH₂-R-COO^–, при рН ниже изоэлектрической точки – положительный заряд NH₃⁺-R-COОН. В изоэлектрической точке казеин находится в виде электронейтральной молекулы с одинаковым количеством положительных и отрицательных зарядов. Сущность кислотной коагуляции казеина заключается в потере заряда его частицами при приближении рН среды к изоэлектрической точке казеина. При этом растворимость, вязкость и набухание казеина минимальны.

Следует помнить, что изоэлектрические точки разных фракций казеина неодинаковы. Для α-, β- и γ-казеина они составляю соответственно 4,7, 4,9, 5,8-6,0. Следовательно, для полной коагуляции всех фракций белка, составляющих мицеллу казеина, необходимо подкисление молока до рН 4,6-4,7. При этом сывороточные белки молока (α-лактоальбумин и β-лактоглобулин), в силу особых условий гидратации, переходят в сыворотку.

При нагревании молока изоэлектрическая точка казеина увеличивается, что, вероятно, обусловлено образованием связи между казеином и денатурированными сывороточными белками. Если температура молока во время подкисления находится в пределах 1‑10ºС, то рН молока может понижаться до изоэлектрической области без видимой коагуляции казеина. При обычных условиях сквашивания, т.е. при температуре молока выше 15-20ºС, казеин очень чувствителен к изменению рН. Он начинает осаждаться уже при подкислении до рН 5,2-5,3. При этом значении рН частицы казеина недостаточно стойки, и многие из них коагулируют.

Одним из факторов, обуславливающих стойкость коллоидной системы, является солевое равновесие, которое, в свою очередь, зависит от концентрации ионов водорода. При постепенном введении в молоко ионов водорода от казеинового комплекса отщепляется кальций, в результате чего ускоряется коагуляция белков молока. Схематично кислотную коагуляцию можно представить следующим образом: